Nach der Fertigstellung der Kirche war in St. Kunigunde eine elektronische Orgel mit 2 Manualen, Pedal und 27 Registern im Einsatz. Mit der Zeit wurden die Reparaturen für das Gerät immer häufiger und deren Erfolg immer unsicherer, so daß in der Pfarrei der Entschluß zur Anschaffung einer neuen Orgel gefasst wurde. Die Kirchengemeinde folgte dabei nicht den modischen Strömungen, sondern holte sich kompetente Beratung ein. Herr Reinhold Morath, der amtl. Orgelsachverständige der ev. Landeskirche, entwarf in Zusammenarbeit mit Herrn Domorganist Markus Willinger die Disposition für die neue Orgel, und die Gestaltung des Orgelgehäuses wurde unter der Obhut von Herrn Architekt Herbert van Beeks mit dem Erzbischöflichen Bauamt in Bamberg abgestimmt. Das Ergebnis ist ein romantisches, nach französischem Vorbild entstandenes Instrument mit 1098 Orgelpfeifen, dass höchsten Ansprüchen entspricht. Die Orgel mit 19 Registern, 2 Manualen und Pedal wurde in der Werkstatt des Orgelbaumeisters Johannes Rohlf gefertigt.
Weitere Einzelheiten zur Uttenreuther Rohlf-Orgel finden sich in der Festschrift zur Einweihung der Orgel (erhältlich im Pfarrbüro), dort ist auch eine CD mit Aufnahmen verschiedener Meister, gespielt von Reinhold Morath, zu hören.